深圳海運港口形成了蛇口、赤灣、媽灣、鹽田、東角頭、福永、沙魚涌、下洞、內河九個港區。
其中，鹽田港是全國集裝箱吞吐量最大的單一港區，也是目前中國大陸遠洋集裝箱班輪密度最高的單個集裝箱碼頭。
5個。
深圳有5個港口：蛇口碼頭、福永碼頭、鹽田碼頭、赤灣碼頭、媽灣碼頭。
1、蛇口碼頭
蛇口客運碼頭，始建於1981年。2016年10月30日蛇口客運碼頭正式停運。結束了35年的客運服務。蛇口客運碼頭業務搬至蛇口郵輪中心。10月31日，蛇口郵輪中心正式開門營業，市民可在此坐船前往香港、澳門和珠海。
2、福永碼頭
深圳機場碼頭（舊稱：福永碼頭/深圳機場福永碼頭），英文名：Shenzhen Airport Ferry Terminal，位於深圳寶安國際機場西南位置，距機場T3航站樓僅2公里。
3、鹽田碼頭
鹽田港（Yantian Port），是中國廣東省深圳市港口，位於深圳市南大鵬灣北岸，西臨沙頭角，西北經24千米鐵路達深圳市，東至惠州72千米，南為小梅沙。
4、赤灣碼頭
赤灣港在深圳經濟特區西部的南頭半島頂端，位於珠江口東岸，距香港在20海里。距珠海、澳門在50海里，水、陸路距廣州約150公里。
5、媽灣碼頭
深圳媽灣港區該港區內主要有海星港口發展有限、深圳樂意液體倉庫倉儲有限公司、深圳月亮灣油料港務有限公司、南油港口倉儲發展有限公司、深圳市滬星拖輪有限公司、深圳市能源港務有限公司等，其主要經營散雜貨、液體化工產品、油品和煤炭等。
深圳一共有四個港區，鹽田港區是和記黃埔的旗下港口，是李嘉誠注資的，屬於港企！赤灣和蛇口碼頭是招商局旗下的企業，還有一個新的港區叫大鏟灣碼頭，是港企背景。深圳四個港區合稱為深圳港，為世界四大港口之一，深圳四個港區鹽田最大。口岸：羅湖、福田、皇崗、深圳灣、福田、文錦渡、沙頭角、鹽田港、大亞灣、蛇口、媽灣、東角頭、 梅沙、 寶安國際機場這些口岸。 海關：羅湖海關、文錦渡海關、皇崗海關、沙頭角海關、蛇口海關、大鵬海關、機場海關、筍崗海關、梅林海關、福田保税區海關、南頭海關、同樂海關、沙灣海關、布吉海關、惠州海關、惠州港海關、惠東海關、深圳灣海關。碼頭：蛇口碼頭 福永碼頭、媽灣碼頭、東頭角碼頭
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