第一種説法是最早起源於孫思邈的《千金翼方》
藿香正氣水，最早作為藿香正氣散，被鼎鼎大名的“醫聖”孫思邈，收錄於《千金翼方》當中。
《千金翼方》
《千金翼方》是孫思邈編撰的一部中醫典籍，以補其早期鉅著《千金要方》之不足，書中記載了他晚年近三十年所收集的藥方。全書30卷。書中涵蓋：婦人疾病、傷寒、小兒病、養生長壽等內容。體現古代延年益壽與防病、治病相結合的特點。
後來經過數次戰火的洗禮，《千金翼方》慢慢在民間失去了蹤跡。上世紀50年代，人民衞生出版社得到了從日本引進回來的《千金翼方》。
但是由於時隔久遠，日本珍藏有中國《千金翼方》的六種刊本，都有缺失，與原版相差較大。其中又以明代王肯堂刻本最為全面。
現今中醫界使用的《千金翼方》以1955年人民衞生出版社據江户醫學本出轉的影印本較為常見，書中所缺失的內容由當代中醫專家自行研製的藥方填補空缺。
到宋代，藿香正氣散的藥方被收錄於的《太平惠民和劑局方》（公元1151年），本書為宋代太平惠民和劑局編寫的中醫方劑學著作，是全世界第一部由官方主持編撰的成藥標準。
《太平惠民和劑局方》
第二種説法是最早收錄於宋代的《太平惠民和劑局方》一書中。
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