福爾馬林是甲醛的水溶液，甲醛可以使動物標本中的蛋白質變性，主要是由於構成生物體(包括細菌)本身的蛋白質上的氨基能跟甲醛發生反應。
福爾馬林色素又稱甲醛色素。甲醛易氧化自行分解產生甲酸而使溶液呈酸性，故經福爾馬林固定時間較久或用酸性福爾馬林固定過的組織，特別是含血液多的血栓、肝、脾、骨髓及發生血腫、淤血、出血和溶血時的組織，易產生黑色素或棕黑色的酸性甲醛羥基血紅素沉澱，即通常説的福爾馬林色素。此種色素無光澤，不溶於水、酒精、二甲苯等
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