主要是停靠列車的車次不一樣。玄武湖邊上的南京站,是即有線上的老站,始發和經停普通的旅客列車,以及部分城際動車。南京南是高鐵站,專門始發和經停高鐵列車和城際動車。
區別是一個是高鐵站,一個是綜合型車站。南京是江蘇省省會,交通工具是十分齊全發達的。火車站有兩個,一個座落在中央門是一個綜合型車站。另一個座落在江寧,是亞洲最大的高鐵站