農村醫保原來由衞生局管,由鄉鎮人民政府負責代收醫保費,職工醫保歸人社局管,後來進行改革,成立了醫保局,把農村醫保,職工醫保全部納入醫保局管理,現在操作起來比較方便,大家都知道醫保都歸醫保局管。
新農合歸中華人民共和國國家醫療保障局管理。 
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》
第二十四條 國家建立和完善新型農村合作醫療制度。新型農村合作醫療的管理辦法,由國務院規定。
第二十六條 職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。
縣級一般是由縣衞計局(原衞生局)下屬單位縣新型農村合作醫療管理局(管稱新農合或合管局)主管,鄉鎮級一般設在鄉政府或鄉鎮衞生院下設科室合管辦