呼倫貝爾有兩大水系,嫩江水系和額爾古納河水系,共有大小河流3000多條。流域面積在100平方公里以上的河流有550條,其中嫩江水系247條,額爾古納河水系303條。呼倫貝爾還有大小湖泊500多個,其中0.1平方公里以上的349個。