花椒籽用清水沖沖就是最乾淨的。因為花椒籽被花椒殼包着，沒有直接裸露在外，沒有被外界污染。所以，它不用清洗都可以直接用。
最好的情況就是等花椒老熟的情況下清理。
這時候有部分的花椒都已經裂開了，裏面的籽也掉地下了，採摘下來，經過高温晾曬（如果多的話經常翻面以均勻受熱，確定乾透才行），過後集中分批用篩子篩，很快裏面的籽都掉了。
1、鹼液浸泡法:首先將花椒籽用清水沖洗數次，去除雜質、空糠籽、黴變籽、不完善籽等。裏面，並挑選種子飽滿有光澤的花椒籽。
然後，將挑選好的花椒種子浸泡在鹼性溶液中，期間不斷摩擦花椒種子的種皮油，然後取出種子，用清水清洗乾淨，以備後播
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