獨庫公路長500多千米,南端海拔約1 070米,南北貫穿了多冰川的山脈,北端海拔約750米,説明公路南北兩端海拔較低,中間穿越橫亙在新疆中部的天山山脈,溝通了南疆與北疆。
公路北端海拔約750米,其應位於北疆,地處天山北坡、準噶爾盆地南緣的位置,氣候乾旱,降水稀少,故其所處的自然帶是灌叢荒漠帶。