神探狄仁傑雲姑反叛的原因是:雲姑的親妹妹小清死在了自己的同伴手中,她也知道了自己只是他們的一個工具,沒有利用價值就會被拋棄,所以雲姑選擇背叛了宗主元齊,加入了朝廷的官軍,成為了幫助狄仁傑消滅宗主元齊的主要助手,可以説這是一個非常無奈的選擇。