基本結構包括光學系統和機械系統兩大部分。光學系統是顯微鏡的主體部分,包括物鏡、目鏡、聚光鏡及反光鏡等組成的照明裝置。
機械系統是為了保證光學系統的成像而配置的,包括調焦系統、載物台和物鏡轉換器等運動夾持部件以及底座、鏡臂、鏡筒等支持部件。照明設置的主要部件有光源、濾光器、聚光鏡和玻片等。