閩南理工學院的王牌專業有：機械設計製造及其自動化、電氣工程及其自動化、光電信息科學與工程、服裝設計與工程、工程管理、經濟學、財務管理、產品設計等專業。
1、一流本科專業建設點（國家級+省級）
2021年度省級一流本科專業建設點：經濟學、財務管理、產品設計
2020年度國家級一流本科專業建設點：機械設計製造及其自動化專業
2020年度省級一流本科專業建設點：光電信息科學與工程、服裝設計與工程、工程管理
2019年度省級一流本科專業建設點：機械設計製造及其自動化、電氣工程及其自動化
2、其他重點專業
特色專業建設點：機械設計製造及其自動化、電子信息工程
高等學院創新創業教育改革項目：數字媒體技術、機械設計製造及其自動化、測控技術與儀器、國際經濟與貿易
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