錘頭雙髻鯊的體型僅次於無溝雙髻鯊,體長約為3.5米,最長可達5米,體重超過400公斤。錘頭雙髻鯊向兩側突出的頭部長度大約相當於體長的1/4,它們的鼻孔位於頭翼末端,兩眼則分列於突出部位的頂端。
人們發現雙髻鯊遊動時急轉的頻率和速度都高於其它鯊魚,寬闊而扁平的頭部能起到方向舵的作用,使雙髻鯊遊進得更加平穩,急轉起來更加自如