在特殊情況下高三學生畢業檔案會被普通高等學校的檔案管理部門退回。這種情況一般是被高校錄取了但不去新生報到註冊,超過普通高等學校的入學時間以後檔案才會退。被高校錄取了但不想去那個學校讀,檔案過了規定的時間會自動退回。