影片既將結束的時候，又回到了影片的開端：埃文跑進他的醫生的辦公室（此次改變歷史的結果讓他的日記不復存在），想通過家庭電影的畫面最後一次改變歷史。在這裏，導演一共安排了四個結尾。
這個是導演版的結局：生命開端時：埃文看到的家庭電影是埃文的母親即將產下埃文，進入歷史的埃文決定自己結束這一切，他用雙手掐住了臍帶，結束了自己剛要開始的生命，現實的生活中沒有埃文，凱莉跟湯米被離婚後的一母親監護，遠離了那個BT父親，自然也就沒有了雷管事件。
埃文的母親後來生了一個女兒，打破了這個只遺傳給男孩的能力。其實這個導演版結局才是原本劇本的最終結局，它使為愛而犧牲的主題更顯崇高和偉大，而且更為悽美感人。但後來由於新線公司擔心這個驚世駭俗的結局裏情節和畫面會引起部分公眾和輿論的不安，因此最後公映時被改為現時劇場版的那個。
劇場版的結局：各自成長、各走各的人生路，是埃文看到的家庭電影是第一次認識凱莉的聚會，回到從前的埃文罵了凱莉，他與凱莉沒有成為好朋友，凱莉跟湯米的監護權也由母親得到。工作後的埃文在街上偶遇凱莉，但卻沒有相認。
另兩個結局也是按劇場版的結局設定的，《蝴蝶效應》劇場版的另外一個結局： 尾隨（55秒），埃文遇到凱利後，返身去追凱利。
《蝴蝶效應》劇場版棄用的大團圓結局：結識（53秒），是兩個人相認。
蝴蝶效應3結局很簡單，一個導演不可能讓一個很好的電影從此結束，他必定會埋下個伏筆。
結尾豬腳的女兒笑，燒娃娃，豬腳最後一次穿越時空，結束了一切，但我們看來，為什麼豬腳不去提前不去讓火災發生，而去選擇在火災中一次一次做選擇。
蝴蝶效應3結局意思是主角陷入了循環魔咒
蝴蝶效應3影片既將結束的時候，又回到了影片的開端：埃文跑進他的醫生的辦公室（此次改變歷史的結果讓他的日記不復存在），想通過家庭電影的畫面最後一次改變歷史
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