兩者比較起來，裝備不同，武工隊裝備精良，游擊隊的武器五花八門。其次，人員構成不同，武工隊都是身經百戰的優秀士兵和初級指揮員，游擊隊員都是經受過初步訓練的老百姓。
武工隊和游擊隊的區別主要在於:
一是組織領導不同，游擊隊可能是基層黨組織領導的，也可能是羣眾自發組織的，而武功隊是從部隊裏精選出來的。
二是分佈區域不同。游擊隊主要分佈在敵後方，武功隊主要是插入敵人腹地。
三是作戰使命不同。游擊隊主要是保護後方羣眾、掩護大部隊轉移等，武功隊主要是深入敵方攻擊核心，破壞其基建、後勤補給等。
武工隊和游擊隊主要區別是人數。武工隊人數較少更機動靈活。作戰目的性更強，個人能力強配合更好。
游擊隊人數較多作戰方式靈活多樣
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