有七個兒子 ，兩個女兒。
長子（皇子）： 孛兒只斤·貴由，馬真皇后生，1246年登基稱帝，1266年追尊為元定宗。
次子： 孛兒只斤·闊端，乞兒吉思皇后生，被封為西涼王。
三子： 孛兒只斤·闊出，生母不詳。
四子：孛兒只斤·哈剌察兒，生母不詳。
五子： 孛兒只斤·合失，孛剌合真皇后生。
六子： 孛兒只斤·合丹，生母不詳。
七子：孛兒只斤·滅裏，生母業裏吉納妃子。
女兒：
長女 ：巴巴哈爾公主，下嫁高昌亦都護火赤哈爾的斤
次女 ：趙國大長公主葉裏迷失，下嫁趙忠襄王君不花
史書記載，元太宗孛兒只斤·窩闊台有六個兒子：
長子 孛兒只斤·貴由，元定宗，乃馬真皇后生。（忽必烈建立元朝後，追尊為元朝皇帝，廟號定宗，諡號簡平皇帝）
次子 孛兒只斤·闊端，乞兒吉思皇后生
三子 孛兒只斤·闊出、孛兒只斤·哈剌察兒四子 孛兒只斤·業裏，乞納妃子生
五子 孛兒只斤·合失，孛剌合真皇后生
六子 孛兒只斤·合丹
孛兒只斤·窩闊台 (1186年—1241年），蒙古帝國可汗，史稱“窩闊台汗”。元太祖成吉思汗的第三子。元世祖忽必烈的伯父。至元三年（1266年）十月，忽必烈追尊窩闊台廟號為太宗，諡號英文皇帝。
元太宗：孛兒只斤·窩闊台
長子：元定宗-孛兒只斤·貴由
次子：孛兒只斤·闊端
三子：孛兒只斤·闊出
四子：哈剌察兒
五子：孛兒只斤·合失
六子：合丹（庶長子）
七子：滅裏
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