1、進行果實套袋，可以有效防止桔小實蠅產卵危害。
2、在果園裏每畝可掛5~10個誘捕器誘殺田間桔小實蠅的雄成蟲，筒內誘劑每隔15天應添加80%敵敵畏乳油原油一次，長期堅持可以取得明顯的效果。
3、在桔小實蠅羽化盛期和產卵前期，採用80%敵百蟲1000倍液，或1.8%愛福丁3000倍液噴霧，每週1次，連噴3~5次。
4、採用清園、浸水和切斷寄主鏈等農業措施可有效降低田間的蟲口密度。在果實成熟期間，每隔3～5天收集田間爛果或落果進行集中漚浸，可消滅果中的幼蟲，大大減低蟲源。果園內及附近忌種番茄、辣椒等瓜果類寄主作物，對切斷該蟲食物鏈具有重要作用.採用與非寄主植物的間種、淺翻挖土、冬季灌水2～3次等措施更能破壞越冬幼蟲、蛹、成蟲生境，可促進該蟲的大量死亡。
防治果蠅最直接的方法當然就是化學防治，就是在果實成熟前的25天，用擬除蟲菊酯、高效氯氰菊酯等殺蟲劑，在果園進行噴灑，間隔5到7天噴一次，連噴兩次。噴灑的時候要注意，應先噴果園周圍，避免把蟲趕出果園，提高殺蟲效果。
果蠅體形較小，對殺蟲劑很敏感，普通的擬除蟲菊脂（可濕粉、懸浮劑）都有防治效果。
個人建議還是從根上找原因，是否因為水果皮、核、殘渣孳生引起，如這樣，建議良好衞生管理制度，裝袋密封，及時清理，就可以避免這個問題，儘量少的輔以化學方式處理，會更好。
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