埃及全國乾燥少雨,氣候乾熱。埃及南部屬熱帶沙漠氣候,夏季氣温較高,晝夜温差較大。尼羅河三角洲和北部沿海地區,屬亞熱帶地中海氣候,氣候相對温和,其餘大部地區屬熱帶沙漠氣候。
白尼羅河發源於南半球的熱帶草原氣候區,青尼羅河發源於北半球的熱帶草原氣候區,兩河汛期不同。