五種鹼基的分子式

腺嘌呤 C5H5N5 

鳥嘌呤 C5H5N5O 

胸腺嘧啶 C5H6N2O2 

胞嘧啶 C4H5N3O

尿嘧啶 C4H4N2O2

鹼基指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。DNA和RNA的主要鹼基略有不同，其重要區別是：胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶鹼，在RNA中極少見相反，尿嘧啶是RNA的主要嘧啶鹼，在DNA中則是稀有的。除主要鹼基外，核酸中也有一些含量很少的稀有鹼基。稀有鹼基的結構多種多樣，多半是主要鹼基的甲基衍生物。tRNA往往含有較多的稀有鹼基，有的tRNA含有的稀有鹼基達到10％。嘌呤和嘧啶鹼基是近乎平面的分子，相對難溶於水：在約260納米的紫外光區有較強的吸收。