州衞生健康委負責質控中心的規劃、設置、管理與考核,對全州醫療質量管理與控制工作進行監督管理。
州衞生健康委對質控中心的管理工作由醫政藥政與體制改革科統籌負責,其中中醫(藥)各專業質控中心由中醫藥與產業科具體負責,產前篩查質量控制中心由基層衞生與婦幼健康科具體負責,傳染性疾病各專業質控中心由疾病預防控制科負責。