黃喉擬水龜主要通過外表來進行性別分辨。從體型上來看,雄龜的體型要大一些,並且背甲也比較長,而雌龜的體型略小一些,背甲比較圓比較寬。
從前爪來看,雄龜前爪比較長,而雌龜則比較小。而從腹部來看,由於生殖需要,雄龜一般會有凹陷,而雌龜的腹部則十分平坦。
從尾巴處觀察,雄龜的尾巴比較長,根部粗壯,而雌龜的尾巴看上去就比較短小。