紅高粱以自花授粉為主,小部分異花授粉,自花授粉率達99.5%。
紅高粱為兩性花,每朵花裏有1枚雌蕊和3枚雄蕊。紅高粱早熟品種抽穗後2-3天,晚熟品種抽穗後4-6天即可開花。開花後雄蕊伸出後,花絲伸長並下垂,花葯開裂散出花粉。授粉後,雄蕊萎蔫,護穎閉合,柱頭與雄蕊殘留於花外。