1、莖的不同:囊瓜是一年生草質藤本,莖具卷鬚,不具剛毛,而南瓜是一年生蔓生草本,莖常節部生根,密被白色短剛毛。
2、葉片不同:囊瓜葉大,葉闊卵形具角稜或淺裂,而南瓜葉片寬卵形或卵圓形。
3、瓜果形態不同:囊瓜果為瓠果詞條,硬殼,南瓜沒有囊瓜外皮硬。