沼氣是由意大利物理學家A.沃爾塔於1776年在沼澤地發現的。1916年俄國人Β.П.奧梅良斯基分離出了第一株甲烷菌(但不是純種)。中國於1980年首次分離甲烷八疊球菌成功。世界上已分離出的甲烷菌種近20株。
世界上第一個沼氣發生器(又稱自動淨化器)是由法國L.穆拉於1860年將簡易沉澱池改進而成的。1925年在德國、1926年在美國分別建造了備有加熱設施及集氣裝置的消化池,這是現代大、中型沼氣發生裝置的原型。與其他燃氣相比,其抗爆性能較好,是一種很好的清潔燃料。