棉花苗莖稈發紅症狀的原因：
1.除草劑藥害因素。兩類地塊會引起除草劑藥害，一類是常年連作的老棉田，因常年使用氟樂靈且使用量偏大，造成植株莖稈細弱矮小、紅莖比例較大。另一類是種棉花的倒茬地，前茬作物為玉米，並且連年使用玉米田封閉性除草劑乙阿合劑或丁阿合劑。多年連續使用，使除草劑在田間殘留，當夏季降水量較大時，田間除草劑隨着水的流向低窪處，表現為同一塊地內高處棉田生長健壯，低窪處或低窪地段，植株矮小、細弱，出現紅莖棉現象。
2.病害因素。棉花枯萎病根據受害時期和嚴重程度，其中在田間有的表現為紫紅型，子葉和真葉變紫紅色或出現紫紅色斑塊，略呈萎蔫狀。
3.土壤或鹽或鹼。有些地塊由於長期不合理施用化學肥料而不施用有機肥，造成土壤鹽鹼化或次生鹽漬化。當下雨量較小時，造成鹽分上移，鹽分濃度大抑制了根系對營養的吸收，出現了鹽害傷苗現象，也造成植株生長緩慢而小、紅莖比例偏高
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