土木之變後的瓦剌，之所以迅速衰亡，是因為得不到大明的經濟支持，加上內部的矛盾，才走向了分崩之路。
之後，瓦剌部落各自發展，一直到了清朝時期，瓦剌部才重新崛起，只是他們的名字不再是瓦剌，變成了準噶爾。
瓦刺國是因為準噶爾汗國軍隊發動突然襲擊，南下翻越崑崙山脈，攻入拉薩，殺死了和碩特汗國最後一任君主拉藏汗，和碩特汗國滅亡。1718年清朝由青海出兵入藏，全軍覆沒1720年，清朝第二次出兵，趕走準噶爾軍，清朝在拉薩設立駐藏大臣。
內部矛盾開始激化。脱脱不花汗試圖擺脱傀儡地位，他不立與也先姐所生的兒子為太子，另立他子。脱脱不花汗與也先之間的矛盾激化。也先拉攏和利用脱脱不花汗弟阿噶巴爾津濟農，向他許諾打敗脱脱不花汗後讓其即位，邀其共擊脱脱不花汗。景泰二年底，脱脱不花汗率先出兵征討也先，中途而返，也先和阿噶巴爾津濟農追擊，打敗脱脱不花汗，脱脱不花汗率數十人逃走，也先盡收其妻妾、太子及部屬。脱脱不花汗逃至兀良哈地方，被其已休前妻之父沙不丹（清代譯為徹卜登）擒殺。也先隨後誘殺阿噶巴爾津濟農，“凡故元頭目苗裔無不見殺。”
後來瓦剌部落分散，逐漸衰落，內部事態鮮為人所知。但對外則西侵謝米列契地，並沿錫爾河洗劫了塔什干等城向東爭奪哈密，一度攻入肅州城，以求開拓東西方通道。一部分瓦剌人則向青海、甘州等地陸續轉移。也先之後約一百五十年，哈剌忽喇興起。
被韃靼所兼併。蒙古於明朝初年退居大漠。建立北元政權。後來在明朝打擊下分裂為瓦刺和韃靼兩部。明英宗時瓦刺一度強盛。後來韃靼部首領俺搭汗和明朝修好，互惠互利，開放邊貿。
韃靼部強盛起來兼併了瓦刺
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