丹霞山國家地質公園內河流屬珠江水系北江支流，主要有錦江和湞江兩條河流。其中錦江源於江西崇義縣仙人嶺，在園區內長36千米湞江源自江西省信豐縣，從丹霞山南側環繞流過，河流寬闊處形成河心洲。翔龍湖位於長老峯南側，長度為1350米，水深18米。另外，飛花水瀑布羣在白蓮村南，是斷層橫切過溪流所致錦石巖馬尾瀑從錦石巖右側的崖頂飄下，高160米，為間歇性瀑布
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