電子油門加速器的弊端主要是使車輛操作難度變大、車輛油耗增加和不方便駕駛。
車輛操作難度變大：
手動擋的車型在加裝電子油門加速器後，油門變的更加靈敏。所以在車輛起步或者換擋時，油離配合就會更難，可能會出現加油不走或者車輛憋死的情況。
車輛油耗增加：
由於油門更加敏感，在車輛行駛中或多或少就會使油耗有所增加。但是油耗增大程度並不算特別嚴重，一般是可以接受的。
不方便駕駛：
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