複合季銨鹽不建議用來直接噴灑室內進行消殺。可以用來對於物體表面塗抹消殺。複合季銨鹽化學性質穩定,如果噴灑室內會沉降在物體表面難以分解,持續的存在會對人體的健康造成傷害。室內消殺可以使用84或含氯消毒劑,大約半個小時後就會全部自動分解。