有區別,而且有很大的區別,商務局和工商局是兩個不同的部門,同時這兩個單位的工作職能也不一樣,商務局主要是負責商品生產和流通環節存在的問題,以及具有監督檢查的職能工商局,也就是現在的市場監督管理局,除了未生產流通企業辦理營業執照之外還可以,對生產銷售假冒偽劣產品作出行政處罰