村莊位於昌平區北,周邊有明十三陵、銀山塔林、十三陵水庫、九龍遊樂園、居庸關長城堆臼峪風景區、莽山國家森林等人文及自然景觀。
東水峪村位於長陵鎮東部,東部與興壽鎮交界,北部緊鄰同鎮的望寶川村,西部為老君堂,南部與長陵村與永陵村相鄰。
東水峪路東西向穿村而過,成為村莊主要對外聯繫道路。村委會位於村莊中部、緊鄰東水峪路。村域內沒有公交線路通過,在東水峪路與懷長路相連接處(老君堂村域範圍內)設有公交車昌平32路車站(昌平北站——九渡河)騎自行車、機動車等方式到達鎮中,較為方便。
自駕車到東水峪村較方便,自駕車可從德勝門走京昌八達嶺高速公路,由昌平西關環島(13C出口)往十三陵方向,長陵鎮懷長路北行3公里即到。