蕭軍被殺案（1-9集），三大神器案（10-16集），劉義死亡案（17-25集），二白失蹤案（26-30集），張西被殺案（31-39集），小蠻被殺案（40-45集）。
1、蕭軍被殺案
大遼南院樞密使蕭軍離奇喪命於宋遼邊境的一個妓院，同一時間，雙喜鎮縣官安國泰同樣離奇被害。遼國限定公孫策在規定時間內破案，否則進攻雙喜鎮。
公孫策和耶律俊才設下圈套，很快發現西夏派來潛伏於大宋境內的王海霸便是兇手。可大包的意外發現，又使安國泰的死因現出新的疑點，兇手又成為一個謎。
種種猜測之後，公孫策為刺激包拯，故意懷疑廚子小蠻是殺人兇手，而大包堅信小蠻無辜。為救小蠻，包拯答應一天之內找出真正的兇手。
儘管對手佈局精妙，大包還是找出了蕭軍和安國泰的真正死因，但卻沒能找出真正的兇手。
之後官兵萬吉祥又被殺害，公孫策等人一頭霧水的時候，又有人被殺的消息再次傳來。
展昭發現重要線索，公孫策根據種種現象推斷妓院老闆黃樂是兇手，不料此時，黃樂自殺身亡，被認為是因暴露身份而被滅口。耶律俊才認為沒有足夠證據證明黃樂是兇手，包拯又爭取到了一天的破案時間，關鍵時刻，又有新的線索出現。
經過周密分析，包拯終於找出真兇，原來兇手一直隱藏在妓院裏，並設計了這一系列的殺人圈套。包拯同時查出了當年和談金失竊的內幕，一系列的連環案水落石出。
2、三大神器案
受皇帝之命，包拯、公孫策、展昭和女扮男裝的小蠻一同前往迦葉寺迎接東瀛使團及其帶來的藏有天芒祕密的“三大神器”。
寺院長水大師意外死去，被認為是神器的詛咒，事後不久，寺院裏又有人被殺，剛接過長水大師袈裟的無憂大師也神祕死去。
種種謎團之後，包拯查出東瀛來的少將軍是兇手，證據面前，少將軍並不認罪，反而指出包拯判案的幾個破綻所在。正在此時，傳來從東瀛來宋的一孽大師被殺的消息。
少將軍的母親被疑為兇手，正在此時，夫人卻被殺害。包拯和公孫策查出夫人是中毒而死之後，真兇依舊沒有現身。
包拯和大將軍的精心設計使兇手露出破綻，在事實面前，少將軍不得不認罪。一切表象之下，一個悽美的愛情故事被揭露出來，少將軍同父異母的弟弟在寺院裏潛藏多年，少將軍一心想找出弟弟並殺死他。
想不到看似真相大白的背後，一直隱藏着另一個同謀，竟然是兩個人聯手製造了這四起血案。
3、劉義死亡案
尋找天芒的路上，意外得知當地巡撫大人劉義離奇地死去的消息，包拯等人決定去看個明白。
據説劉義的死和西陵王的臉譜有關係，劉夫人慾將臉譜和劉義一起下葬。誰知富商錢並早對臉譜垂涎已久，於是偷了臉譜給自己戴上，怪事又發生了，錢並好像着魔一般發瘋了，並且和劉義用了幾乎一樣的方法自殺了。
公孫策和包拯解剖屍體時，發現一些疑點，最後他們懷疑地方將軍高甲是兇手。
展昭和高甲交手，險勝。高甲尋機偷了臉譜，隨後和劉義、錢並一樣，幾乎用同樣的方式在相同的地方自盡了。
包拯等人仔細分析了一遍案情，發現了越來越多的疑點，在一些線索的提示下，他們離真相越來越近。
神祕的黑衣人出現，把包拯推下懸崖，下落不明小蠻為找包拯甘願捨棄自己的性命。龐統突然拿着西陵王的臉譜出現了，和展昭打得不分上下。
大難不死的包拯竟然意外發現了許多線索。從丁函被殺之謎開始，案情的真相逐漸浮出水面。在眾人感歎之餘，包拯把矛頭指向了劉夫人。
在場眾人均不相信劉夫人是兇手，更另人吃驚的是，龐統和劉夫人曾經有過一段親密的感情，案情愈加撲朔迷離，而真相卻另人大吃一驚——劉義並沒有死去。包拯揭開了整個臉譜的祕密，他們繼續踏上了尋找天芒的道路。
4、二白失蹤案
包拯等人來到鳳凰村，竟然在這裏遇到了前太醫令雪醫金匱。正在大家為得到《金匱醫術》一書而鈎心鬥角時，金匱的女弟子二白卻意外失蹤，包拯發現二白一直深愛着大師兄大椎，並有了他的孩子。
為得到《金匱醫術》而拋棄二白的大椎有最大嫌疑，大椎死不承認，隨後也在“鳳凰勾魂”出現時離奇身亡。
包拯找到了案件的關鍵線索，公孫策也查出了兩人的死因。原來三陽在這些人死後就能得到《金匱醫術》一書，在確鑿的證據面前，三陽雖然被斷定為真兇，卻仍然難逃 “鳳凰勾魂”的命運，在牢裏遇害，死因和大椎、二白相似。
包拯突然意識到之前對案情的推斷是錯誤的，他們又重新回到了鳳凰鎮，包拯當眾揭穿了“鳳凰勾魂”的祕密，並指出真正的兇手是金匱，卻沒有人相信這個事實。
5、張西被殺案
包拯一行人繼續踏上了尋找天芒之路，龐太師派出徵西將軍張西打着保護的名義來監視包拯等人。龐太師更是軟禁了包大娘，限保證五天內找到天芒。
張西被一枝青銅的弩箭刺死，旁邊還有一個沒有眼耳口鼻的晴天娃娃，兇案現場佈置得像是秦將軍復活殺人。
經過包拯、公孫策等人對案情一番分析之後，人人都貌似可疑，卻又找不到真正的兇手。包拯預感到還會有人陸續死去，而這一切都是因為爭奪天芒所致。
之後封大也被殺，封大的死，公孫策也找了些許線索。而隨師公半藏來尋找天芒的小狸偷偷告訴展昭，她懷疑半藏是殺死封大的兇手。
公孫策將整個封大被殺的過程破解得清清楚楚，可是被他懷疑的兇手——半藏和表面是遼國大將實為西夏漢奸的高深都相繼被殺。
包拯發現，秦將軍復活的故事、還有張西、封大的死都是他們在小鎮遇到的一個極為風騷的飯店老闆娘青蓮所為。
青蓮承認所有的被害的人是自己殺的，可包拯並沒有就此罷休，真相終於水落石出，原來真兇另有其人。青蓮是若水兒時的好朋友，因此這次特意回來幫助她保護天芒。若水帶着不捨，了結了自己的生命。
6、小蠻被殺案
包拯帶着天芒回到京城，交到皇上手裏。正當包拯察覺到自己對小蠻的感情時，小蠻卻被殺害了，天芒也被盜。包拯離奇發病，太醫診斷説最多還能活三天。
公孫策查出殺死小蠻兇手竟是龐統。為揭開真相討回公道，公孫策和包拯冒着丟掉性命的危險開庭審案，龐統並不認罪。
並把嫌疑推到了小風箏身上，小風箏被關進大牢。公孫策開始感覺到小蠻的死背後藴藏着一個大陰謀，包拯和公孫策來到小蠻被害的現場，從頭開始對案件進行調查。
四大將領帶着兵馬來參加皇上婚禮，龐太師奪權之心表露無疑。鄭王被行刺，刺客竟是仁宗身邊的太監忠義，難道忠義是殺害小蠻的兇手。
包拯要在太廟對小蠻被殺一事進行公審。包拯請出了代表大宋萬世基業之始的太祖黃袍，皇上下跪了，真相即將揭開。
包拯指出了龐統陰謀篡權之罪，同時也指出殺害小蠻的真兇，眾人譁然。包拯説出天芒的祕密，兩年前包拯意外失蹤並且失憶的事也真相大白，所有的一切都是一個精心策劃的陰謀，包拯和小蠻不過是其中一顆棋子罷了。
1、重出江湖 (彩蝶鬼魂殺人事件)2、三大神器 (三大神器殺人事件)3、臉譜殺人4、鳳凰勾魂5、天芒現 (秦兵復活之謎)6、殺滅央 (小蠻之死)
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