因為腔棘魚化石發現於二疊紀末期(2.95億年前)到白堊紀早期(1.44億年前)。腔棘魚屬與其他同類魚一樣,骨化程度較低,表現出脱離早期淡水環境而轉向海洋生活方式的一般趨向。
腔棘魚長期被認為約在6,000萬年前即已滅絕,而1938年卻在非洲南部近岸用網捕到一條現生種類——矛尾魚。