區別是：
1、名稱不同
菖蒲與石菖蒲從名稱上就可以區分，另外它們還有各自的別稱。菖蒲別稱泥菖蒲、香蒲、野菖蒲、臭菖蒲、山菖蒲、白菖蒲、劍菖蒲、大菖蒲，石菖蒲別稱九節菖蒲、山菖蒲、藥菖蒲、金錢蒲、菖蒲葉、水劍草、香菖蒲
2、外形不同
菖蒲是多年生草本，根莖外皮為黃褐色，葉片基生，向上漸狹，葉片為劍狀線形，基部較寬、有對褶，中部以上漸狹，色澤光亮。石菖蒲的根莖上部分枝甚密，植株因而呈叢生狀，分枝常被纖維狀宿存葉基，葉無柄，葉片薄。
3、花期不同
菖蒲與石菖蒲的花期不同，菖蒲的花期一般在6-9月份，花為黃綠色，子房為長圓柱形，漿果為紅色長圓形。石菖蒲開花較早，花期在2-6月份，花序柄腋生，長4-15釐米，三稜形，葉狀佛焰苞長13-25釐米，花為白色。
4、用途不同
菖蒲與石菖蒲都有一定的觀賞價值，其葉叢翠綠，端莊秀麗，具有淡雅香氣，適宜栽種在水景岸邊，也可用作盆栽觀賞。石菖蒲除了觀賞，它還有較高的藥用價值，根莖部分可入藥，其藥用價值十分廣譜。
菖蒲
石菖蒲
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