劇情是:
戈登·弗里曼博士參加了黑山基地空間傳送的實驗，但是過程中失敗了，並把xen星生物給傳送了過來，此時政府也讓HECU陸戰隊出動到黑山基地毀屍滅跡，戈登就在這樣的環境下，藉助其他博士的幫助，在最後殺死了XEN星上的頭目尼赫倫斯，因此也解放了弗地岡人，最後被神祕人GMAN所相中，被冷藏了起來
經過多年的沉睡戈登醒來，來給GMAN效命了，世界已經不是以前的世界了，因為戈登解放了弗地岡人，聯軍開始注意到了地球，並且發動了七小時戰役，至此地球沉淪了，布林也就是黑山基地負責人趁機巴結聯軍，因此成為了17號城市的代表
戈登在過程中結識了愛莉克斯、巴尼、 克萊納博士 伊萊等反抗軍的頭目，並且也開始幫助反抗軍來對抗聯軍，在一次激烈的對抗中伊萊被抓走了，戈登和艾裏克斯進入監獄前去營救並且成功發現了他，但是沒想到朱迪斯居然背叛了
最後朱迪斯帶着伊萊用傳送門去了城堡，而愛莉克斯和戈登為了逃命也進入了傳送門，不過這次有點特別，因為出來的時候已經是1個星期以後了，全城市的反叛者因為戈登攻打監獄和應和開始反叛之路，最後布林想用傳送門逃跑，但戈登及時的阻止了他，隨後的是大爆炸和老朋友GMAN
戈登的任務結束了GMAN即將再次冷凍戈登，但是我們醜陋的朋友再次出手相助，那就是弗地岡人，弗地岡人用強大的念力進入了GMAN鎖定的空間救了愛莉克斯和戈登，後來他們知道17城市即將爆炸，如果不阻止，他們是不可能活着離開了，所以他們決定阻止爆炸，經過一番努力延緩了爆炸，不僅竊取了一些朱迪斯留給他們的資料並且在城堡裏看到了一個東西，探員，最後掩護巴尼和平民離開後破壞了一台三角機甲，愛麗克斯和戈登也坐火車離開，從城堡發射出了很多膠囊艙，那是探員
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