其實是沒有本質區別的,如今在全世界比較有名的兩大忍者流派就是伊賀流忍者和甲賀流忍者。
全日本的忍術幾乎都一樣,伊賀流忍者擅長用火藥,槍,炮,據説在戰國時期還曾被編程隊伍。而甲賀忍者擅長的是用藥,毒。現如的滋賀縣內也有好多家有名的大藥廠。