在粒線體基質中進行,因為在這個迴圈中幾個主要的中間代謝物是含有三個羧基的有機酸,所以稱為三羧酸迴圈,又稱為檸檬酸迴圈。三羧酸迴圈是需氧生物體內普遍存在的代謝途徑。三羧酸迴圈是三大營養素(糖類、脂類、氨基酸)的最終代謝通路,又是糖類、脂類、氨基酸代謝聯絡的樞紐。