1、權力不同:
南鎮撫司權力相當於憲兵北鎮撫司外部任務較多,經常出差全國。北鎮撫司外出特務皆爲“欽差”。由於北鎮撫司直接向東廠負責,有時甚至越過東廠直接向皇帝負責,因此地方官員見到北鎮撫司的人都恭敬,稱呼爲“上差”或“欽差”。
2、責任不同:
南鎮撫司負責本衛的法紀、軍紀、監察、人員管理等職責北鎮撫司傳理皇帝欽定的案件,擁有自己的監獄,可以自行逮捕、刑訊、處決,不必經過一般司法機構。