主要區別是，意思不同、出處不同、用法不同，具體如下：
一、意思不同
1、獨善其身
意思是原指獨自修養身心，保持個人的節操。後指只顧自己，不管他人的個人主義處事哲學。
2、明哲保身
原義是指明於事理的人善於自保。現在則指爲了保住個人利益迴避原則鬥爭的庸俗作風。
二、出處不同
《孟子·盡心上》：“窮則獨善其身，達則兼善天下。” 趙岐 注：“獨治其身以立於世間，不失其操也。”
白話文：“窮則獨善其身，達則兼善天下。”趙岐註釋：“個人修身以立於世間，不失其掌握的。”
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