國庫單一賬戶是指將所有的政府資金包括預算內資金和預算外資金集中於一家銀行的賬戶,即財政部門在人民銀行開設的國庫存款賬戶,同時所有的財政支出包括預算內和預算外支出均能通過這一賬戶進行。取消各預算部門,預算單位及其他相關部門在商業銀行開設的預算內資金賬戶和預算外資金賬戶。各部門、各單位發生的支出,直接從國庫單一賬戶支付給個人或商品供應商及勞務提供者。
實行國庫單一賬戶集中支付,雖然不改變各部、各單位的支出權限,但其作用在於建立起了預算執行的監督管理機制。一方面通過單一賬戶集中化管理,靈活地調度和使用資金,提高政府資金使用效率,降低成本另一方面從根本上杜絕在預算執行中的剋扣、截留、挪用資金的現象,促進政策資金使用信息公開化、透明化,強化了約束力和社會監督力,從源頭上堵住了政府資金使用的行政干預和腐敗現象。