一、帶外種皮貯藏法
將採收後外種皮完好無損的種實攤放在通風向陽的場地晾曬，每晚翻動一次，等3～5天后外種皮水分大部分失去而呈皺摺狀時，裝入麻袋放在室內通風處。也可用1 體積種子加2體積河沙（沙的含水量為5%）混勻後，堆放在室內通風處，高20～30cm。貯藏中15～20天翻動1次，控制河沙乾濕度，過干時應適當灑水增濕，發現黴爛種子，立即剔除。
二、砂藏法
種實採收後，堆積或泡在水裏數天，使外種皮爛熟後，淘洗乾淨，去掉雜質和浮果，陰乾3～5天后與乾淨的濕砂（黃砂或河砂均可，一定要淘洗乾淨）混在一起，種子與濕砂的體積比為1：3～4，堆放在室內通風處，高度不超過50cm。砂的濕度以握在手裏成團，水不從指縫中滲出，手放開後砂團散開為適宜。貯藏中每月要翻動1～2次，定期檢查防止高温和砂過幹或過濕，並注意防鼠害。這是最安全、常用的方法。
三、窖藏法
大面積育苗時，種子數量多，則選背陰、地形較高、排水良好地挖地窖貯藏。窖深、寬各0.8m，長度隨種子數量而定。窖底鋪10cm乾淨濕河沙，窖中每隔1m 豎立窖內，至離地面20cm處，蓋上濕沙。再填細土堆成尖頂，蓋上草簾。窖的四周挖好排水溝，防止雨水流入。氣温高於-5℃，封凍前每隔7～10天扒開檢查1次，封凍後每隔2～3周扒開檢查1次，揀出黴爛的種子。
1】袋裝貯藏:經脱皮處理並充分晾乾的銀杏種核，先裝人布袋之中，在常温條件下置室內繼續陰乾，俗稱“發汗”，時間約為1周然後裝入塑料袋中，每袋可裝10千克，最多不得超過20千克，紮緊袋口放置室內，每月須將種子全部倒出進行短時間的攤晾，俗稱“換氣”，也可將塑料袋上打幾個小孔，以便於種子有微弱的氣體交換。此法貯藏的銀杏種核，翌年5月依然十分新鮮。
【2】冰箱貯藏:將銀杏種核袋裝後置入冰箱或冰櫃之中，温度保持1~4X：，保鮮時間可長達1年以上。此法僅適用於少量種核。
【3】冷庫貯藏:將充分晾乾的銀杏種核裝人麻袋之中，每袋可裝25~50千克，單層擺放於木架空格之上。温度保持在4X：左右，冷庫濕度不得大於80%，保鮮時間可達1年以上。貯藏期間應每月抽樣檢查，如發現核殼表面出現黴點，應及時將種核倒出用淨水重新沖洗、晾乾後再放入袋中。
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