1、科屬區別:棒花魚屬於鯉形目鯉科,建德小鰾鮈則屬於鱸形目蝦虎魚科。
2、魚鰭區別:棒花魚的背鰭發達,建德小鰾鮈則具有特殊的脊鰭。
3、生活環境區別:棒花魚生活在淡水中,在中國、日本、朝鮮分佈廣泛,建德小鰾鮈則主要生活在熱帶和亞熱帶的海域中。