辦理流程如下：
1、註冊
打開微信搜索“牧運通”小程序，找到小程序後點擊“牧運通”進入登錄界面。
車主使用手機號碼註冊登錄，完善姓名、電話、身份證號、性別等車主信息，設置登陸密碼。
註冊完成後，登陸賬號為註冊手機號碼。
2、車輛備案
註冊成功後，返回登錄界面輸入賬號、密碼登陸系統進入功能頁面。
此頁面功能入口有：“備案申請”、“車輛管理”、“運輸台賬”。
登錄系統點擊“備案申請”按鈕，進入到車輛備案界面。
3、備案申請
進入到備案申請界面，選擇需要備案的區縣，按照要求填寫個人信息，車輛信息等，填寫的信息必須是真實有效，符合實際情況，前面標“*”的為必填項目，如不填寫則無法提交。
證件類型為單位的點選單位，單位備案需填寫營業執照編碼，調運生豬的車輛必須配備車輛定位跟蹤系統，相關信息記錄保存半年以上。
車輛定位接入平台必須安裝符合交通運輸部部標協議的GPS設備，設備IP地址指向：，設備購買前請與銷售單位溝通清楚。
GPS設備配置好後，備案時請輸入設備編碼（設備編碼11位至15位），並點擊測試檢測設備是否正常。
如審核不通過，在車輛管理模塊退回處打開車輛詳情，點擊右上角“操作”按鈕修改車輛信息重新提交。
備案畜禽運輸車有效期為一年，到期前請車主及時續期。
4、備案完成
備案信息提交後，備案人在車輛管理裏查看備案審核進度，如審核後需要修改備案信息，需要審核員反審核後才能進行修改。
審核通過後，監管審核人員從電腦端系統中輸出打印備案表蓋章給車主。
5、行程登記與洗消登記
根據農業部79號文要求，運輸車主在運輸過程中應當建立生豬運輸台賬。
運輸車主需要在行程開始時在軟件中操作“行程登記”，以及“洗消登記”。
備案車輛審核通過後，車主即可使用此功能。
車主開始運輸後點擊“行程登記”與“洗消登記”按鈕進入頁面，按照相關要求錄入行程相關信息，選擇檢疫地區和到達地點。
填寫消毒記錄，按照要求點擊提交即可。
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