目前尚沒有治療小瓜蟲病的特效藥，所以此病的防治關鍵點為徹底清塘、加強飼養管理、保持良好環境及增強魚類免疫抗病力。
預防措施
1、徹底清塘。放養魚種前用生石灰對養殖池塘徹底清塘。
2、提高養殖水體水温。小瓜蟲繁殖適宜水温為15～25℃，通過提高水温可阻斷多子小瓜蟲生活史中某一環節，使其不能完成生活史而達到治療的目的。池塘養殖條件下在秋末、冬初及初春時期可通過適當降低水位以提高水温的辦法實施預防。
3、在小瓜蟲病流行季節對有棘魚類（如黃顙魚等）苗種實施轉塘、並塘等越冬準備時，拉網操作應避開陰雨低温天氣，應在晴天水温相對較高時進行捕撈運輸操作，且謹慎操作以避免對有棘魚類產生損傷。
4、提高養殖魚類免疫抗病力。魚類生理狀況與小瓜蟲病的發生有直接關係，魚類機體免疫力低下更容易受到小瓜蟲掠食體的侵襲。因此，在小瓜蟲病流行季節，應加強養殖魚類營養，同時每隔15-20天口服“三黃散+保肝寧+水產專用維C”3-5天以提高魚類的免疫抗病力。
5、培肥水質。小瓜蟲病的發生與池塘水質的關係密切，一般在水質清瘦的池塘中小瓜蟲病易多發，因此在小瓜蟲流行季節應適當使用“肥水旺”+“活水素”等培肥水質。
6、適當控制養殖魚類的放養密度，以降低小瓜蟲感染概率。
建議防治方法
1、幼蟲孵化時間通常在夜間即午夜至凌晨，故用藥最好在凌晨前進行，以便殺滅抵抗力相對較弱的幼蟲。2、建議防治措施：連續2-3天全池潑灑“辣椒+生薑”，每天1次第3或第4天全池潑灑“車輪淨”1次。
小瓜蟲天性不耐高温，可以將水温提高到30℃左右來治療小瓜蟲病或把幹辣椒用水煮開（也可用辣椒麪），按照每立方米水放250克幹辣椒的比例潑灑在魚池或用生薑加水熬製成生薑水，之後每立方米水加入4毫升生薑水或在水中放入一定比例的紅藥水。
一、小瓜蟲最佳治療方法
1、小瓜蟲天性不耐高温，可以提高水温來治療小瓜蟲病，把水温提高到30℃左右，促使小瓜蟲在魚的表皮脱落，還可以配備藥物同時進行。
2、或把幹辣椒用水煮開（或者用辣椒麪），按照每立方米水放250克幹辣椒的比例，然後在魚池潑灑均勻，每天潑灑1次，連續3天，可以殺死小瓜蟲。
3、還可以用生薑加水熬製成生薑水，按照每立方米水加入4毫升生薑水，每天用1次，連續使用3天，如果沒有好轉間隔5天再使用。
4、將一定比例的亞甲基藍藥水潑灑到魚缸中，連續潑灑3次，間隔3天再潑灑1次就可以消滅小瓜蟲。
5、可以在水中放入一定比例的紅藥水，使魚缸顏色微紅就可以了，浸泡時間為5分鐘左右，每天1-2次也可以消滅小瓜蟲。
6、用一定比例的食鹽水潑灑魚缸中，或者把患小瓜蟲病的魚放在食鹽水中（1：100比例的食鹽水），經過3-5天可以殺死小瓜蟲。
二、小瓜蟲是怎麼產生的
1、魚缸內的小瓜蟲是從自來水中來的，在温度很低的時候，會快速的進行繁殖，從而對魚產生危害。
2、小瓜蟲病怎麼預防：
（1）保持魚缸內適當的水温，避免在越冬水温過低，越冬的魚提早入温室，避免在水温低時捕撈和搬運。
（2）在低温季節避免做出可能對魚體表黏膜造成傷害的行為。
（3）使用對黏膜沒有傷害的藥物，比如聚維酮碘、氟哌酸進行魚體消毒。
（4）可以讓魚缸照到一些陽光，保持水中温度。
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