奈乙酸和吲哚乙酸之間的區別是：
1、作用機理不同
吲哚乙酸重點側於生側根也就是不定根，奈乙酸重點側重於生主根。
2、理化性質不同
吲哚乙酸溶於丙酮、乙醚和乙醇等有機溶劑，難溶於水奈乙酸純品為白色無味結晶，可溶於熱水。化學性質穩定，遇鹼可生成相應的鹽。
吲哚乙酸是一種植物體內普遍存在的內源生長素，屬吲哚類化合物。又名茁長素、生長素、異生長素。吲哚乙酸是一種有機物。 純品是無色葉狀晶體或結晶性粉末。遇光後變成玫瑰色。 熔點165-166℃（168-170℃）。 易溶於無水乙醇、醋酸乙酯、二氯乙烷，可溶於乙醚和丙酮。不溶於苯、甲苯、汽油及氯仿。不溶於水，其水溶液能被紫外光分解，但對可見光穩定。其鈉鹽、鉀鹽比酸本身穩定，極易溶於水。 易脱羧成3-甲基吲哚（糞臭素）。對植物生長具有兩重性，植物不同部位對其敏感度不同，一般根大於芽大於莖。不同植物對其敏感度也不同。
萘乙酸是一種有機化合物，性質穩定，但易潮解，見光變色，應避光保存，萘乙酸分α型和β型，α型活力比β型強，通常所説的萘乙酸即指α型。熔點為134.5-135.5℃。不溶於水，微溶於熱水，易溶於乙醇、乙醚、丙酮、苯和醋酸及氯仿。萘乙酸鈉鹽能溶於水，在一般有機溶劑中穩定。
吲哚乙酸和萘乙酸不能互相替代。
兩者區別：
首先，萘乙酸鈉主要是生主根，吲哚丁酸鉀主要是生側根，毛細根。
萘乙酸鈉在作物中的應用：
1、 促進細胞分裂和組織分化，用於果實膨大
2、
3、 及塊根塊莖的膨大。
2、誘導根和不定根的形成，用於加快扦插枝條生根和種子髮根。還可以用於保花保果，提高產量，增強抗逆能力等。
吲哚丁酸鉀在作物中的應用：
1、吲哚丁酸鉀可以作用於植株全身各生長旺盛部位，如根、嫩芽、果實，對專一處理部位強烈表現為細胞分裂，促進生長。
2、吲哚丁酸鉀具有長效性和專一性的特點 3、吲哚丁酸鉀可以促進新根生長，誘導根源體形成，促進插條不定根形成。
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