麥穗魚成魚常在水域周邊附近的木杆、水草及石塊表面上配對產卵,而其雄魚有護卵的習性。
產卵期在晉南伍姓湖為4月初到5月底。在河南、山東稍早,在內蒙古及寧夏為5~6月。卵濃黃色,卵徑約1、3毫米,為沉性黏着卵,常平鋪於水下光石塊及樹枝等硬物體上。產卵後雄魚護卵,懷卵量388~3060粒。