主要區別有4點：
一是税率方面，二是經營方面，三是政策方面，四是組織形式上。個體工商户只能申請小規模納税人，小微企業一開始也是小規模納税人，但是隨着業務的需要，可以申請一般納税人。
在納税方面，小微企業交企業所得税和增值税，個體工商户交經營個税。
個體工商户不可以做進出口業務及存儲危險化學品等業務，個體户不享受國家優惠政策，沒有投資風險且不需要會計做賬，但小微企業受國家各種優惠政策扶持，而且需要依照税法要求記賬報税
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