在彌生人來到日本之前,日本列島上還有土著,這些土著人被稱為繩文人,現在日本人中如果毛多且黑長的跟阿部寬差不多,大抵繩文人的基因比重就多一些。
不過今年還有一份更權威的基因測序報告稱,現代日本人的祖先除“繩文人”和“彌生人”之外,還有第三種“古墳人”。古墳人與前兩者不同擁有一些東亞人羣的遺傳特徵。古墳人的祖先很大程度上與漢族相似。而現代日本人的“定型”時期也可能是約1500年前的“古墳時代”。
繩文人在日本屬於古人,繩紋人,舊石器時代後,約16500年前的公元前,145世紀到約3000年前的紀元前十世紀繩紋時代的文化,大致分佈在現在日本北海道,本州島,琉球羣島,因此,在這個地區居住的印有繩紋陶器的新石器時代人稱為繩文人。繩紋人是由亞洲大陸幾個不同形式人家混居過着狩獵採集生活。