1、殺菌機理不同
百菌清是一種廣譜性殺菌劑，沒有內吸性，以觸殺作用為主，是一種保護性殺菌劑，對多種病害起預防和保護作用，沒有治療作用。噴施後，能在植物葉片上形成一層保護膜，葉片上的病菌接觸藥劑後，百菌清能與病菌細胞中的各種酶結合，破壞酶的活力，使真菌細胞的代謝受到破壞而喪失生命力。達到殺滅病菌的目的。
百菌靈也是一種廣譜性殺菌劑，具有很好的內吸傳導作用，是一種具有保護和治療作用的殺菌劑，對多種真菌病害有很好的保護和治療作用。噴施後，藥劑能被作物的根、莖、葉吸收，並在植株體內傳導，並通過韌皮部傳輸到植株的各個部位，通過干擾病原菌有絲分裂中紡錘體的形成，使細胞分裂中斷，起到殺菌作用。
2、施藥方式不同
百菌清由於不具有內吸性，施藥方法比較單一，主要用於噴霧和製成煙劑進行薰煙。
百菌靈由於具有很好的內吸性，能被植株的根、莖、葉等部位吸收，因此，施藥方法多樣。多菌靈不但能用於噴霧，也可用於拌種，土壤處理等多種施藥方式。
3、抗藥性不同
百菌清主要是在葉片上形成保護膜，在作物表面與病菌細胞中的酶結合，達到殺菌的作用，不易誘發病菌產生耐藥性。
百菌靈由於持效期較長，在植株體內能長時間存在，就很容易使病菌產生耐藥性，從而產生抗藥性。
4、持效期不同
百菌清噴施後主要在作物葉片上形成一種保護膜，達到防治病害的目的，在雨水沖刷、陽光照射等作用下，保護膜很容易破裂，保護作用也就沒有了。持效期一般只有7天左右。
百菌靈內吸性好，能被植株吸收並在體內傳導，並長時間在植株體內存在，因此，能持續殺菌，持效期一般在15天以上，用於拌種和土壤處理，被根系不斷的吸收，持效期更長，一般可達50天以上。
5、混配方式不同
百菌清是一種保護性殺菌劑，沒有治療作用，為彌補這方面的不足，在生產上常與治療性藥劑混配，達到保護治療的作用。
百菌靈是一種保護和治療性殺菌劑，容易產生抗藥性，多與其它治療效果較好的殺菌劑混配，是防止病菌抗藥性，擴大殺菌範圍進行混配。
6、使用時期不同
百菌清是一種保護性殺菌劑，一般在作物病害發生前噴施。病害發生後使用效果不好。
百菌靈是一種保護和治療性殺菌劑，在作物病害發生前和發生後均可使用
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