土地出讓收入由財政部門負責徵收管理，可由市、縣國土資源管理部門負責具體徵收。
縣國土資源管理部門與國有土地使用權受讓人在簽訂土地出讓合同時，應當明確約定該國有土地使用權受讓人應當繳納的土地出讓收入具體數額、繳交地方國庫的具體時限以及違約責任等內容。
土地出讓收入徵收部門根據土地出讓合同和劃撥用地批准文件，開具繳款通知書，並按照財政部統一規定的政府收支分類科目填寫“一般繳款書”，由國有土地使用權受讓人依法繳納土地出讓收入。國有土地使用權受讓人應按照繳款通知書的要求，在規定的時間內將應繳地方國庫的土地出讓收入，就地及時足額繳入地方國庫.繳款通知書應當明確供應土地的面積、土地出讓收入總額以及依法分期繳納地方國庫的具體數額和時限等。
已經實施政府非税收入收繳管理制度改革的地方，土地出讓收入收繳按照地方非税收入收繳管理制度改革的有關規定執行。
縣國土資源管理部門和財政部門應當督促國有土地使用權受讓人嚴格履行國有土地出讓合同，確保將應繳國庫的土地出讓收入及時足額繳入地方國庫。對未按照繳款通知書規定及時足額繳納土地出讓收入，並提供有效繳款憑證的，國土資源管理部門不予核發國有土地使用證。國土資源管理部門要完善制度規定，對違規核發國有土地使用證的，應予收回和註銷，並依照有關法律法規追究有關領導和人員的責任。
任何地區、部門和單位都不得以“招商引資”、“舊城改造”、“國有企業改制”等各種名義減免土地出讓收入，實行“零地價”，甚至“負地價”，或者以土地換項目、先徵後返、補貼等形式變相減免土地出讓收入也不得違反規定通過簽訂協議等方式，將應繳地方國庫的土地出讓收入，由國有土地使用權受讓人直接將徵地和拆遷補償費支付給村集體經濟組織或農民等。
由財政部門從繳入地方國庫的招標、拍賣、掛牌和協議方式出讓國有土地使用權所取得的總成交價款中，劃出一定比例的資金，用於建立國有土地收益基金，實行分賬核算，具體比例由省、自治區、直轄市及計劃單列市人民政府確定，並報財政部和國土資源部備案國有土地收益基金主要用於土地收購儲備。
從招標、拍賣、掛牌和協議方式出讓國有土地使用權所確定的總成交價款中計提用於農業土地開發資金具體計提標準按照財政部、國土資源部聯合發佈的《用於農業土地開發的土地出讓金收入管理辦法》(財綜[2004]49號)以及各省治區、直轄市及計劃單列市人民政府規定執行。
土地出讓金管理辦法各城市須在當年度的土地出讓收益中提取一部分納入次年的財政預算，地方政府不得用於當期收入安排使用，剩餘部分則由地方政府在相關領域內按規定支配。
將土地出讓收益納入次年預算將進一步增加透明度，業內專家認為，這有助於防止地方政府“坐支”，使地方政府從以地生財的短期利益中轉移出來，着眼於長期收益。
(一)、原劃撥土地使用權使用者經縣人民政府批准准予轉讓，出讓金徵收標準如下
1、按照原批准用途辦理出讓手續，非經營性用地的土地使用權出讓金不得低於備案評估地價的35%商品住宅和綜合經營性用地的土地使用權出讓金，不得低於備案評估地價的40%商業、旅遊、娛樂用地的土地使用權出讓金，不得低於備案評估地價的45%工業用地的土地使用權出讓金，不得低於備案評估地價的25%。
2、原批准用途為非經營性用地改變為經營性用地的，應當採取招標拍賣掛牌方式在土地交易中心公開出讓，並按現時經營性用地的市場價格(備案評估地價，下同)減去原用途的現時劃撥土地使用權，市場價格全額繳納土地使用權出讓金。
3、房改房、經濟適用房上市交易，按國家和省的規定繳納土地使用權出讓金，且不得低於備案評估地價的10%。
4、出讓年限按國家規定最高可出讓年期辦理，即：住宅(含商品住宅)70年商業、旅遊、娛樂用40年工業、綜合用地等其他用地50年。
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